日本においてキリスト教が退けられてきた理由と、今日まで至る相性の悪さの理由について少し書いてみようと思います。

日本は、表面的、形式的には欧米の自由主義システムを取り入れてきましたが、本質的な動作原理はむしろ封建システムに近い「何か」である、と思っています。

日本は「和魂洋才」の掛け声のもと、（キリスト教抜きの）西洋社会システムをひたすら輸入することでここまで来たわけですが、
過去には何度もキリスト教迫害があり、社会への定着を退けてきました。

なぜそのようにしてきたのか？
という問いについての答えはおそらく簡単で、「自由/個人主義」などという厄介なものを、封建システムの支配者が望むはずがない、というところに尽きると思います。
あるいは、権力の絶対性を保つには、「神のみが絶対」などという考えは、危険思想以外の何物でもなかったでしょう。
また、島国であることから、脅威（キリスト教）の流入経路が限られていたことも大変大きいでしょう。
一度徹底的に弾圧すれば、島国の閉鎖性、同調圧力も働き、再び入ってくるまでには大分時間が必要だったろうと思われます。

一方、そういった弾圧がなくなった現在においても信者が増えていかないのは、
当然ながらまず第一に、天皇崇拝の反動としての、戦後の宗教アレルギーがあるでしょう。
（しかしそろそろ、その段階は卒業し、真剣に世界の歴史現実と向き合い、成熟した文明国へと脱皮しなくてはならないと思います。手遅れになる前に！）

そしてもう一つ、この社会の根底に広く根を張る封建的価値観（教育段階から始まっています）が、キリスト教的価値観と大きく対立するものである、という点が大きいのではないかと見ています。
この国の現状の社会環境に適合的であろうとすればするほど、キリスト教的価値観からは遠ざかってしまう、そんな対立構造が存在し、（社会のベースがキリスト教である欧米社会と比べて）信仰の本格的な実践が難しい、あるいは、社会生活との両立のために、キリストの教えのうち範囲をかなり絞った捉え方に限定せざるを得ず、宗教の本質や価値、役割、魅力、等がなかなか伝わらない→結果として普及定着しない、そんな背景があるのではないか、という気がしています。

それらの結果、現在でも日本のキリスト教徒は人口の1%程度と、「極端に」少ないままとなっています。
（現在では、韓国では３割以上がキリスト教徒、中国でも１割を超えており、共産党の最大の脅威となっているということです）

欧米ではプロテスタントの宗教改革（万人祭司）の思想によって、初めて封建社会が本質的に打破されました。
聖書の中では、国王の存在は一応は認められていますが、それは人民が「統治者が欲しい」と神に懇願した結果、神が一時的な妥協として「許した」もの、というニュアンスのものになっており、聖書をちゃんと読めば「王権神授説」なるものの成立余地がないことは明白です。
一人一人がしっかり聖書を読み、それに従うことを正しいとした宗教改革が、「権力の否定」につながっていったことは間違いありません。
一方で、日本ではキリスト教、プロテスタントの精神が存在しなかったので、封建的社会構造、思考行動様式は今日に至るまで保たれたままです。

封建的社会構造というのは、力や権力を手にした者が、それを固定化しようとする、という形で形成されていくものであり、ある意味では「最も自然に」形成される原始的な社会構造とも言えます。
それに対し、現代社会における「個人主義」「自由主義」の社会というのは、ある意味で大変「不自然な」ものであり、聖書の思想なしにはまず到達し得なかったはずのものです。
（聖書の思想の支えがなければ、その「不自然な」状態を維持していくこともまた、難しいでしょう）

そのようにして、封建主義が打破されたのちは、さらにキリスト教から人権、民主主義といった思想も生まれ、現代社会のシステムへと進んでいきました。
そして、キリスト教は今でもそれらを支える重要な基盤であり続けていますし、これからもそうであるはずです。